离开闭锁的故乡，匡平只身一人来到东京上大学。某天，匡平的妹妹诗绪来到匡平家。她拥有“只”的资格，可以操纵在家乡中如神般的存在、名为“案山子”的人偶。

诗绪告诉匡平，他那个过去在村中引发惨剧的儿时玩伴阿几，为了找到匡平而逃出了村子。阿几跟诗绪一样拥有“只”的资格，在这时操纵着“案山子”袭击了匡平。如今，众神之战一触即发。